إن اهم الظواهر التي يجب تسليط الضوء عليها هي ظاهرة الإرهاب في اندونيسيا اذ بدأ بظهور المتطرفين الدينيين او الجماعات المسلحة في اندونيسيا قبل التحول الديمقراطي و ظل مستمرا الى ما بعده عن طريق الالتزام باطار عسكري يميل الى حل جميع الصراعات بالقوة اذ اصبحوا تحديا رئيسيا تدخل في تنفيذ القانون للحكومة المنشأة حديثا بعد التحول الديمقراطي
